Les effets du transfert du gouverneur de Bastia à Calvi en 1652 s’étant révélés très négatifs pour la ville, Gênes cherche les moyens de relancer la dynamique urbaine qui a été brisée. Le Magistrato di Corsica promeut alors, au cours de la deuxième moitié du XVIIe siècle, des grands chantiers urbains comme l’édification d’un môle pour faire de Bastia un vrai port, la construction du complexe des Missionnaires ou l’édification de la Maison des Nobles XII. De nouveaux quartiers apparaissent dans le même temps entre Saint-Jean-Baptiste et les abords de la future place Saint-Nicolas, autour de l’église des Jésuites, derrière le vieux port et au Sud vers Saint-Joseph.
La ville, symbole du pouvoir génois en Corse, subit ensuite un siège en règle en 1730, le bombardement de la flotte anglaise en 1745 et, comme les autres villes de l’île restées aux mains du pouvoir génois, les contrecoups des Révolutions de la Corse (1729-1769). Les prohibitions touchant le commerce avec l’intérieur de l’île affaiblissent considérablement le trafic du port. La population hésite à s’engager au lendemain des exécutions qui suivent le « procès des patriotes bastiais » en 1747 pour une des trois souverainetés qui lui sont proposées : la génoise, la corse de Pascal Paoli et la française. C’est finalement sous le gouvernement monarchique français que Bastia connaîtra un véritable redémarrage.