Lyon secrets présente des secrets historiques de Lyon méconnus et illustrés par de nombreuses photographies (parfois anciennes) et plans de situation : il peut s'agir d'inventions, de découvertes telles que le théâtre antique ou la découverte d'un forum sous Fourvière, d'événements historiques (assassinat du président Sadi Carnot ou inauguration de la salle de cinéma des frères lumière), de personnages illustres ayant marqué leur époque (Jeanne Garnier, Pauline Jaricot...), ou de lieux ayant disparus (funiculaire de Loyasse, Tour Pitrat, Tour observatoire de Fourvière...)