An 2000. Un astéroïde frappa la Terre, provoquant un cataclysme sans précédent. Les humains qui survécurent construisirent une nouvelle ville, Tokyo-3, et s'apprêtaient à vivre enfin en paix lorsque de mystérieuses créatures appelées " Anges " apparurent, semant la terreur et la destruction.

Pour repousser ces attaques, la N.E.R.V. a fait appel à Shinji pour piloter le robot de combat EVA-01 en remplacement de Reï, blessée. La jeune fille se rétablit petit à petit ce qui lui permet de faire plus ample connaissance avec Shinji. Comment se fait-il qu'ils soient les deux seuls capables de piloter les EVA ? Quel point commun les unit ? Peut-être le découvriront-ils quand ils devront additionner leurs forces au combat...